Difference between revisions of "Sandbox"

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==feel free to experiment here ==
 
==feel free to experiment here ==
  
−
Please see the the following link for complete information about the validation of GEOS-Chem v11-02b:
 
−
#[[GEOS-Chem_v11-02_benchmark_history#v11-02b|''Approval form for 1-month benchmark simulation v11-02b'']]
 
−
#[[GEOS-Chem_v11-02_benchmark_history#v11-02b_HP_1-month|''Approval form for 1-month benchmark simulation v11-02b with high performance option (GCHP)'']]
 
  
−
{| border=1 cellspacing=0 cellpadding=5
+
EXPID:  OutputDir/GCHP
−
|-bgcolor="#CCCCCC"
+
EXPDSC: GEOS-Chem_devel
−
!width="500px"|Feature
+
CoresPerNode: 6
−
!width="200px"|Submitted by
+
−
!width="80px"|Type
+
  
−
|-
+
#===================================================================
−
!colspan="3" bgcolor="#CCFFFF"|Features '''not''' affecting the full-chemistry simulation:
+
# Declare collection names and toggle on/off
 +
#===================================================================
 +
COLLECTIONS: 'SpeciesConc',
 +
            'Aerosols',
 +
            'CloudConvFlux',
 +
            'ConcAfterChem',
 +
            'DryDep',
 +
            'JValues',
 +
            'JValuesLocalNoon',
 +
            'LevelEdgeDiags',     
 +
            'ProdLoss',
 +
            'StateChm',   
 +
            'StateMet',     
 +
            'WetLossConv',
 +
            'WetLossLS',
  
−
|-valign="top"
+
== Species concentrations ==
−
|[[GEOS-Chem HP|Source code updates for high performance option (GCHP)]]
+
−
|Seb Eastham (Harvard)<br>Lizzie Lundgren (Harvard)<br>Mike Long (Harvard)<br>Jiawei Zhuang (Harvard)<br>Bob Yantosca (Harvard)
+
−
|Structural
+
  
−
|-valign="top"
+
#===================================================================
−
|Bug fixes for diagnostics:
+
# The rest of this file consists of collection definitions.
−
*[[GEOS-Chem_v11-02#ND26_vertical_flux_diagnostic_does_not_yield_mass_balance_in_advection|Use FZ array to compute ND26 vertical flux diagnostic]]
+
# Above collections whose declarations are commented out will be ignored.
−
*[[GEOS-Chem_v11-02#ND40_planeflight_diagnostic_not_always_written_out_when_turned_on|Always write ND40 planeflight diagnostic when enabled]]
+
# You can skip individual diagnostics by commenting them out.
−
|<br>Ilya Stanevic (Toronto)<br>Lee Murray (Rochester)
+
#===================================================================
−
|Bug fix
+
# Species concentrations (per advected species)
−
|" "
+
  SpeciesConc.template:      '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  SpeciesConc.format:        'CFIO',
 +
  SpeciesConc.frequency:      010000
 +
  SpeciesConc.duration:      010000
 +
  SpeciesConc.mode:          'time-averaged'
 +
  SpeciesConc.fields:        'SpeciesConc_?ADV?            ', 'GIGCchem',
  
−
|-valign="top"
+
== Aerosol diagnostics ==
−
|[[Tagged_O3_simulation#Write_initial_and_final_Ox_mass_to_file|Write initial and final Ox mass to file when using the tagged O3 simulation]]
+
−
|Bob Yantosca ([[GCST]])
+
−
|Structural
+
−
|" "
+
  
−
|-valign="top"
+
#===================================================================
−
|[[GEOS-Chem_v11-02#CO2_emissions_unit_conversion_not_consistent_with_new_advection_pressure|Convert CO2 emissions units using dry pressure used in advection]]
+
# Aerosol optical depth, surface area, number density, and hygroscopic growth
−
|Meemong Lee (JPL)
+
  Aerosols.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
−
|Science
+
  Aerosols.format:            'CFIO',
−
|" "
+
  Aerosols.frequency:        010000
 +
  Aerosols.duration:          010000
 +
  Aerosols.mode:              'time-averaged'
 +
  Aerosols.fields:            'AODDust                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'AODDustWL1_?DUSTBIN?          ', 'GIGCchem',
 +
                              'AODHygWL1_?HYG?              ', 'GIGCchem',
 +
                              'AODSOAfromAqIsopreneWL1      ', 'GIGCchem',
 +
                              'AODStratLiquidAerWL1          ', 'GIGCchem',
 +
                              'AODPolarStratCloudWL1        ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerHygroscopicGrowth_?HYG?    ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerNumDensityStratLiquid      ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerNumDensityStratParticulate ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerAqueousVolume              ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerSurfAreaDust              ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerSurfAreaHyg_?HYG?          ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerSurfAreaStratLiquid        ', 'GIGCchem',
 +
                              'AerSurfAreaPolarStratCloud    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST1          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST2          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST3'          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST4          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST5          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST6          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaMDUST7          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaSULF            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaBC              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaOC              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaSSA              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaSSC              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaBGSULF          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroAreaICEI            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST1          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST2          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST3          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST4          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST5          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST6          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiMDUST7          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiSULF            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiBC              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiOC              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiSSA              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiSSC              ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiBGSULF          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_AeroRadiICEI            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST1        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST2        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST3        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST4        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST5        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST6        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST7        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaSULF          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaBC            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaOC            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaSSA          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaSSC          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaBGSULF        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroAreaICEI          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST1        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST2        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST3        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST4        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST5        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST6        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST7        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiSULF          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiBC            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiOC            ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiSSA          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiSSC          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiBGSULF        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_WetAeroRadiICEI          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_StatePSC                ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAN2O5H2O          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAN2O5HCl          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAClNO3H2O        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAClNO3HCl        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAClNO3HBr        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLABrNO3H2O        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLABrNO3HCl        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAHOClHCl          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAHOClHBr          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAHOBrHCl          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_KhetiSLAHOBrHBr          ', 'GIGCchem',
 +
                              ::
  
−
|-valign="top"
+
== Cloud convective flux ==
−
|[[QFED_biomass_burning_emissions|Add QFED emissions for 2014-2016]]
+
−
|Christoph Keller (NASA GMAO)
+
−
|Science
+
−
|" "
+
  
−
|}
+
# Cloud convective flux (per advected species)
 +
  CloudConvFlux.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  CloudConvFlux.format:      'CFIO',
 +
  CloudConvFlux.frequency:    010000
 +
  CloudConvFlux.duration:    010000
 +
  CloudConvFlux.mode:        'time-averaged'
 +
  CloudConvFlux.fields:      'CloudConvFlux_?ADV?          ', 'GIGCchem',
 +
 
 +
== Concentrations after chemistry ==
 +
 
 +
# Concentrations after chemistry
 +
  ConcAfterChem.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  ConcAfterChem.format:      'CFIO',
 +
  ConcAfterChem.frequency:    010000
 +
  ConcAfterChem.duration:    010000
 +
  ConcAfterChem.mode:        'time-averaged'
 +
  ConcAfterChem.fields:      'OHconcAfterChem              ', 'GIGCchem', 
 +
                              'HO2concAfterChem              ', 'GIGCchem', 
 +
                              'O1DconcAfterChem              ', 'GIGCchem', 
 +
                              'O3PconcAfterChem              ', 'GIGCchem', 
 +
::
 +
 
 +
== Dry deposition diagnostics ==
 +
 
 +
# Dry deposition flux velocity (per dry deposited species)
 +
  DryDep.template:            '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  DryDep.format:              'CFIO',
 +
  DryDep.frequency:          010000
 +
  DryDep.duration:            010000
 +
  DryDep.mode:                'time-averaged'
 +
  DryDep.fields:              'DryDepVel_?DRY?              ', 'GIGCchem',
 +
                              'DryDepMix_?DRY?              ', 'GIGCchem',
 +
                              'DryDepChm_?DRY?              ', 'GIGCchem',
 +
                              'DryDep_?DRY?                  ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Photolysis diagnostics ==
 +
 
 +
# Photolysis rates (J-values)
 +
  JValues.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  JValues.format:            'CFIO',
 +
  JValues.frequency:          010000
 +
  JValues.duration:          010000
 +
  JValues.mode:              'time-averaged'
 +
  JValues.fields:            'Jval_?PHO?                    ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
# Photolysis rates at local noon (J-values)
 +
  JValuesLocalNoon.template:  '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  JValuesLocalNoon.format:    'CFIO',
 +
  JValuesLocalNoon.frequency: 010000
 +
  JValuesLocalNoon.duration:  010000
 +
  JValuesLocalNoon.mode:      'instantaneous'
 +
  JValuesLocalNoon.fields:    'JNoon_?PHO?                  ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Diagnostics on level edges ==
 +
 
 +
# Level edge diagnostics (73-level only)
 +
  LevelEdgeDiags.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  LevelEdgeDiags.format:      'CFIO',
 +
  LevelEdgeDiags.frequency:  010000
 +
  LevelEdgeDiags.duration:    010000
 +
  LevelEdgeDiags.mode:        'time-averaged'
 +
  LevelEdgeDiags.fields:      'Met_CMFMC                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PEDGE                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PEDGEDRY                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PFICU                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PFILSAN                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PFLCU                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PFLLSAN                    ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Production and loss rates ==
 +
 
 +
# Prod/loss rates
 +
  ProdLoss.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  ProdLoss.format:            'CFIO',
 +
  ProdLoss.frequency:        010000
 +
  ProdLoss.duration:          010000
 +
  ProdLoss.mode:              'time-averaged'
 +
  ProdLoss.fields:            'PROD_?PRD?                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdBCPIfromBCPO              ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdOCPIfromOCPO              ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromH2O2inCloud        ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromO3inCloud          ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromO3inSeaSalt        ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromHOBrInCloud        ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromSRO3              ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromSRHObr            ', 'GIGCchem',
 +
                              'ProdSO4fromO3s                ', 'GIGCchem',
 +
                              'LOSS_?LOS?                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'LossHNO3onSeaSalt            ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Fields of the State_Chm object ==
 +
 
 +
# State_Chm array diagnostics (see also Aerosols collection
 +
  StateChm.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  StateChm.format:            'CFIO',
 +
  StateChm.frequency:        010000
 +
  StateChm.duration:          010000
 +
  StateChm.mode:              'time-averaged'
 +
  StateChm.fields:            'Chem_phSav                    ', 'GIGCchem', 
 +
                              'Chem_HplusSav                ', 'GIGCchem', 
 +
                              'Chem_WaterSav                ', 'GIGCchem', 
 +
                              'Chem_SulRatSav                ', 'GIGCchem', 
 +
                              'Chem_NaRatSav                ', 'GIGCchem', 
 +
                              'Chem_AcidPurSav              ', 'GIGCchem', 
 +
                              'Chem_BiSulSav                ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_pHCloud                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_SSAlk',                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_HSO3AQ                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_SO3AQ                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Chem_fupdateHOBr              ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Fields of the State_Met object ==
 +
 
 +
# State_Met array diagnostics
 +
  StateMet.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  StateMet.format:            'CFIO',
 +
  StateMet.frequency:        010000
 +
  StateMet.duration:          010000
 +
  StateMet.mode:              'time-averaged'
 +
  StateMet.fields:            'Met_AD                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_AIRDEN                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_AIRVOL                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_ALBD                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_AREAM2                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_AVGW                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_BXHEIGHT                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_ChemGridLev                ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_CLDF                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_CLDFRC                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_CLDTOPS                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_DELP                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_DQRCU                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_DQRLSAN                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_DTRAIN                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_EFLUX                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FRCLND                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FRLAKE                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FRLAND                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FRLANDIC                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FROCEAN                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FRSEAICE                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_FRSNO                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_GWETROOT                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_GWETTOP                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_HFLUX                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_LAI                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_LWI                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PARDR                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PARDF                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PBLTOPL                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PBLH                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PHIS                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PMID                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PMIDDRY                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PRECANV                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PRECCON                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PRECLSC                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PRECTOT                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PS1DRY                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PS1WET                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PS2DRY                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PS2WET                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PSC2WET                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_PSC2DRY                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_QI                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_QL                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_OMEGA                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_OPTD                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_REEVAPCN                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_REEVAPLS                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SLP                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SNODP                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SNOMAS                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SPHU                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SPHU1                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SPHU2                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SUNCOS                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SUNCOSmid                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_SWGDN                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_T                          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TAUCLI                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TAUCLW                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_THETA                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TMPU1                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TMPU2                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TO3                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TropHt                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TropLev                    ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TropP                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TS                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TSKIN                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_TV                        ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_U                          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_U10M                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_USTAR                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_UVALBEDO                  ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_V                          ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_V10M                      ', 'GIGCchem',
 +
                              'Met_Z0                        ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Loss of soluble species in cloud updrafts ==
 +
 
 +
# Loss due to convection (per wet deposited species)
 +
  WetLossConv.template:      '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  WetLossConv.format:        'CFIO',
 +
  WetLossConv.frequency:      010000
 +
  WetLossConv.duration:      010000
 +
  WetLossConv.mode:          'time-averaged'
 +
  WetLossConv.fields:        'WetLossConv_?WET?            ', 'GIGCchem',
 +
::
 +
 
 +
== Loss of soluble species in large-scale wet deposition ==
 +
 
 +
# Loss due to rainout and washout (per deposited species)
 +
  WetLossLS.template:        '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 +
  WetLossLS.format:          'CFIO',
 +
  WetLossLS.frequency:        010000
 +
  WetLossLS.duration:        010000
 +
  WetLossLS.mode:            'time-averaged'
 +
  WetLossLS.fields:          'WetLossLS_?WET?              ', 'GIGCchem',
 +
::

Revision as of 22:17, 7 February 2018

feel free to experiment here

EXPID: OutputDir/GCHP EXPDSC: GEOS-Chem_devel CoresPerNode: 6

  1. ===================================================================
  2. Declare collection names and toggle on/off
  3. ===================================================================

COLLECTIONS: 'SpeciesConc', 

            'Aerosols',
            'CloudConvFlux',
            'ConcAfterChem',
            'DryDep',
            'JValues',
            'JValuesLocalNoon',
            'LevelEdgeDiags',      
            'ProdLoss',
            'StateChm',     
            'StateMet',      
            'WetLossConv',
            'WetLossLS',

Species concentrations

  1. ===================================================================
  2. The rest of this file consists of collection definitions.
  3. Above collections whose declarations are commented out will be ignored.
  4. You can skip individual diagnostics by commenting them out.
  5. ===================================================================
  6. Species concentrations (per advected species)
 SpeciesConc.template:       '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 SpeciesConc.format:         'CFIO',
 SpeciesConc.frequency:      010000
 SpeciesConc.duration:       010000
 SpeciesConc.mode:           'time-averaged'
 SpeciesConc.fields:         'SpeciesConc_?ADV?             ', 'GIGCchem',

Aerosol diagnostics

  1. ===================================================================
  2. Aerosol optical depth, surface area, number density, and hygroscopic growth
 Aerosols.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 Aerosols.format:            'CFIO',
 Aerosols.frequency:         010000
 Aerosols.duration:          010000
 Aerosols.mode:              'time-averaged'
 Aerosols.fields:            'AODDust                       ', 'GIGCchem',
                             'AODDustWL1_?DUSTBIN?          ', 'GIGCchem',
                             'AODHygWL1_?HYG?               ', 'GIGCchem',
                             'AODSOAfromAqIsopreneWL1       ', 'GIGCchem',
                             'AODStratLiquidAerWL1          ', 'GIGCchem',
                             'AODPolarStratCloudWL1         ', 'GIGCchem',
                             'AerHygroscopicGrowth_?HYG?    ', 'GIGCchem',
                             'AerNumDensityStratLiquid      ', 'GIGCchem',
                             'AerNumDensityStratParticulate ', 'GIGCchem',
                             'AerAqueousVolume              ', 'GIGCchem',
                             'AerSurfAreaDust               ', 'GIGCchem',
                             'AerSurfAreaHyg_?HYG?          ', 'GIGCchem',
                             'AerSurfAreaStratLiquid        ', 'GIGCchem',
                             'AerSurfAreaPolarStratCloud    ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST1           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST2           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST3'          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST4           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST5           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST6           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaMDUST7           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaSULF             ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaBC               ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaOC               ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaSSA              ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaSSC              ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaBGSULF           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroAreaICEI             ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST1           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST2           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST3           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST4           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST5           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST6           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiMDUST7           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiSULF             ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiBC               ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiOC               ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiSSA              ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiSSC              ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiBGSULF           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_AeroRadiICEI             ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST1        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST2        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST3        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST4        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST5        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST6        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaMDUST7        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaSULF          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaBC            ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaOC            ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaSSA           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaSSC           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaBGSULF        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroAreaICEI          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST1        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST2        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST3        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST4        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST5        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST6        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiMDUST7        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiSULF          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiBC            ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiOC            ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiSSA           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiSSC           ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiBGSULF        ', 'GIGCchem',
                             'Chem_WetAeroRadiICEI          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_StatePSC                 ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAN2O5H2O          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAN2O5HCl          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAClNO3H2O         ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAClNO3HCl         ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAClNO3HBr         ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLABrNO3H2O         ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLABrNO3HCl         ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAHOClHCl          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAHOClHBr          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAHOBrHCl          ', 'GIGCchem',
                             'Chem_KhetiSLAHOBrHBr          ', 'GIGCchem',
                             ::

Cloud convective flux

  1. Cloud convective flux (per advected species)
 CloudConvFlux.template:     '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 CloudConvFlux.format:       'CFIO',
 CloudConvFlux.frequency:    010000
 CloudConvFlux.duration:     010000
 CloudConvFlux.mode:         'time-averaged'
 CloudConvFlux.fields:       'CloudConvFlux_?ADV?           ', 'GIGCchem',

Concentrations after chemistry

  1. Concentrations after chemistry
 ConcAfterChem.template:     '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 ConcAfterChem.format:       'CFIO',
 ConcAfterChem.frequency:    010000
 ConcAfterChem.duration:     010000
 ConcAfterChem.mode:         'time-averaged'
 ConcAfterChem.fields:       'OHconcAfterChem               ', 'GIGCchem',  
                             'HO2concAfterChem              ', 'GIGCchem',  
                             'O1DconcAfterChem              ', 'GIGCchem',  
                             'O3PconcAfterChem              ', 'GIGCchem',

Dry deposition diagnostics

  1. Dry deposition flux velocity (per dry deposited species)
 DryDep.template:            '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 DryDep.format:              'CFIO',
 DryDep.frequency:           010000
 DryDep.duration:            010000
 DryDep.mode:                'time-averaged'
 DryDep.fields:              'DryDepVel_?DRY?               ', 'GIGCchem',
                             'DryDepMix_?DRY?               ', 'GIGCchem',
                             'DryDepChm_?DRY?               ', 'GIGCchem',
                             'DryDep_?DRY?                  ', 'GIGCchem',

Photolysis diagnostics

  1. Photolysis rates (J-values)
 JValues.template:           '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 JValues.format:             'CFIO',
 JValues.frequency:          010000
 JValues.duration:           010000
 JValues.mode:               'time-averaged'
 JValues.fields:             'Jval_?PHO?                    ', 'GIGCchem',
  1. Photolysis rates at local noon (J-values)
 JValuesLocalNoon.template:  '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 JValuesLocalNoon.format:    'CFIO',
 JValuesLocalNoon.frequency: 010000
 JValuesLocalNoon.duration:  010000
 JValuesLocalNoon.mode:      'instantaneous'
 JValuesLocalNoon.fields:    'JNoon_?PHO?                   ', 'GIGCchem',

Diagnostics on level edges

  1. Level edge diagnostics (73-level only)
 LevelEdgeDiags.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 LevelEdgeDiags.format:      'CFIO',
 LevelEdgeDiags.frequency:   010000
 LevelEdgeDiags.duration:    010000
 LevelEdgeDiags.mode:        'time-averaged'
 LevelEdgeDiags.fields:      'Met_CMFMC                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_PEDGE                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_PEDGEDRY                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_PFICU                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_PFILSAN                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PFLCU                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_PFLLSAN                    ', 'GIGCchem',

Production and loss rates

  1. Prod/loss rates
 ProdLoss.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 ProdLoss.format:            'CFIO',
 ProdLoss.frequency:         010000
 ProdLoss.duration:          010000
 ProdLoss.mode:              'time-averaged'
 ProdLoss.fields:            'PROD_?PRD?                    ', 'GIGCchem', 
                             'ProdBCPIfromBCPO              ', 'GIGCchem', 
                             'ProdOCPIfromOCPO              ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromH2O2inCloud        ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromO3inCloud          ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromO3inSeaSalt        ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromHOBrInCloud        ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromSRO3               ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromSRHObr             ', 'GIGCchem',
                             'ProdSO4fromO3s                ', 'GIGCchem',
                             'LOSS_?LOS?                    ', 'GIGCchem',
                             'LossHNO3onSeaSalt             ', 'GIGCchem',

Fields of the State_Chm object

  1. State_Chm array diagnostics (see also Aerosols collection
 StateChm.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 StateChm.format:            'CFIO',
 StateChm.frequency:         010000
 StateChm.duration:          010000
 StateChm.mode:              'time-averaged'
 StateChm.fields:            'Chem_phSav                    ', 'GIGCchem',  
                             'Chem_HplusSav                 ', 'GIGCchem',  
                             'Chem_WaterSav                 ', 'GIGCchem',  
                             'Chem_SulRatSav                ', 'GIGCchem',  
                             'Chem_NaRatSav                 ', 'GIGCchem',  
                             'Chem_AcidPurSav               ', 'GIGCchem',  
                             'Chem_BiSulSav                 ', 'GIGCchem',
                             'Chem_pHCloud                  ', 'GIGCchem',
                             'Chem_SSAlk',                  ', 'GIGCchem',
                             'Chem_HSO3AQ                   ', 'GIGCchem',
                             'Chem_SO3AQ                    ', 'GIGCchem',
                             'Chem_fupdateHOBr              ', 'GIGCchem',

Fields of the State_Met object

  1. State_Met array diagnostics
 StateMet.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 StateMet.format:            'CFIO',
 StateMet.frequency:         010000
 StateMet.duration:          010000
 StateMet.mode:              'time-averaged'
 StateMet.fields:            'Met_AD                         ', 'GIGCchem',
                             'Met_AIRDEN                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_AIRVOL                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_ALBD                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_AREAM2                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_AVGW                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_BXHEIGHT                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_ChemGridLev                ', 'GIGCchem',
                             'Met_CLDF                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_CLDFRC                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_CLDTOPS                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_DELP                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_DQRCU                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_DQRLSAN                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_DTRAIN                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_EFLUX                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_FRCLND                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_FRLAKE                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_FRLAND                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_FRLANDIC                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_FROCEAN                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_FRSEAICE                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_FRSNO                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_GWETROOT                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_GWETTOP                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_HFLUX                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_LAI                        ', 'GIGCchem',
                             'Met_LWI                        ', 'GIGCchem',
                             'Met_PARDR                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_PARDF                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_PBLTOPL                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PBLH                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_PHIS                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_PMID                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_PMIDDRY                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PRECANV                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PRECCON                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PRECLSC                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PRECTOT                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PS1DRY                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_PS1WET                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_PS2DRY                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_PS2WET                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_PSC2WET                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_PSC2DRY                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_QI                         ', 'GIGCchem',
                             'Met_QL                         ', 'GIGCchem',
                             'Met_OMEGA                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_OPTD                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_REEVAPCN                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_REEVAPLS                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_SLP                        ', 'GIGCchem',
                             'Met_SNODP                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_SNOMAS                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_SPHU                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_SPHU1                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_SPHU2                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_SUNCOS                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_SUNCOSmid                  ', 'GIGCchem',
                             'Met_SWGDN                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_T                          ', 'GIGCchem',
                             'Met_TAUCLI                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_TAUCLW                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_THETA                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_TMPU1                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_TMPU2                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_TO3                        ', 'GIGCchem',
                             'Met_TropHt                     ', 'GIGCchem',
                             'Met_TropLev                    ', 'GIGCchem',
                             'Met_TropP                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_TS                         ', 'GIGCchem',
                             'Met_TSKIN                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_TV                         ', 'GIGCchem',
                             'Met_U                          ', 'GIGCchem',
                             'Met_U10M                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_USTAR                      ', 'GIGCchem',
                             'Met_UVALBEDO                   ', 'GIGCchem',
                             'Met_V                          ', 'GIGCchem',
                             'Met_V10M                       ', 'GIGCchem',
                             'Met_Z0                         ', 'GIGCchem',

Loss of soluble species in cloud updrafts

  1. Loss due to convection (per wet deposited species)
 WetLossConv.template:       '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 WetLossConv.format:         'CFIO',
 WetLossConv.frequency:      010000
 WetLossConv.duration:       010000
 WetLossConv.mode:           'time-averaged'
 WetLossConv.fields:         'WetLossConv_?WET?             ', 'GIGCchem',

Loss of soluble species in large-scale wet deposition

  1. Loss due to rainout and washout (per deposited species)
 WetLossLS.template:         '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
 WetLossLS.format:           'CFIO',
 WetLossLS.frequency:        010000
 WetLossLS.duration:         010000
 WetLossLS.mode:             'time-averaged'
 WetLossLS.fields:           'WetLossLS_?WET?              ', 'GIGCchem',
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