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|}
|}
== Collection list ==
EXPID:  OutputDir/GCHP
EXPDSC: GEOS-Chem_devel
CoresPerNode: 6
#===================================================================
# Declare collection names and toggle on/off
# by commenting out with a #
#===================================================================
COLLECTIONS: 'SpeciesConc',
              'Aerosols',
              'CloudConvFlux',
              'ConcAfterChem',
              'DryDep',
              'JValues',
              'JValuesLocalNoon',
              'LevelEdgeDiags',     
              'ProdLoss',
              'StateChm',   
              'StateMet',     
              'WetLossConv',
              'WetLossLS',
== The SpeciesConc collection ==
A sample collection definition section is listed below.  You may cut-and-paste this into your <tt>HISTORY.rc</tt> file and edit accordingly.
  SpeciesConc.template:      '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  SpeciesConc.format:        'CFIO',
  SpeciesConc.frequency:      010000
  SpeciesConc.duration:      010000
  SpeciesConc.mode:          'time-averaged'
  SpeciesConc.fields:        'SpeciesConc_?ADV?            ', 'GIGCchem',
Here follows a description of diagnostic quantities belonging to the SpeciesConc collection.
{| border=1 cellspacing=0 cellpadding=5
|-valign="top" bgcolor="#CCCCCC"
!width="225px"|Diagnostic name
!width="225px"|Description
!width="125px"|Units
!width="80px"|Wildcards
!width="150px"|Simulations
!width="100px"|[[List of diagnostics archived to bpch format|Bpch equiv.]]
!width="150px"|Notes
|-valign="top"
|SpeciesConc_<spcname>
|Chemical species concentrations
|mol/mol dry air
|
*?ADV?
*?AER?
*?ALL?
*?DRY?
*?FIX?
*?GAS?
*?KPP?
*?PHO?
*?VAR?
*?WET?
|all simulations
|
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND45]]
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND47]]
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND48]]
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND49]]
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND50]]
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND51]]
|
|}
== Aerosol diagnostics ==
#===================================================================
# Aerosol optical depth, surface area, number density, and hygroscopic growth
  Aerosols.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  Aerosols.format:            'CFIO',
  Aerosols.frequency:        010000
  Aerosols.duration:          010000
  Aerosols.mode:              'time-averaged'
  Aerosols.fields:            'AODDust                      ', 'GIGCchem',
                              'AODDustWL1_?DUSTBIN?          ', 'GIGCchem',
                              'AODHygWL1_?HYG?              ', 'GIGCchem',
                              'AODSOAfromAqIsopreneWL1      ', 'GIGCchem',
                              'AODStratLiquidAerWL1          ', 'GIGCchem',
                              'AODPolarStratCloudWL1        ', 'GIGCchem',
                              'AerHygroscopicGrowth_?HYG?    ', 'GIGCchem',
                              'AerNumDensityStratLiquid      ', 'GIGCchem',
                              'AerNumDensityStratParticulate ', 'GIGCchem',
                              'AerAqueousVolume              ', 'GIGCchem',
                              'AerSurfAreaDust              ', 'GIGCchem',
                              'AerSurfAreaHyg_?HYG?          ', 'GIGCchem',
                              'AerSurfAreaStratLiquid        ', 'GIGCchem',
                              'AerSurfAreaPolarStratCloud    ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST1          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST2          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST3'          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST4          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST5          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST6          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaMDUST7          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaSULF            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaBC              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaOC              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaSSA              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaSSC              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaBGSULF          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroAreaICEI            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST1          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST2          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST3          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST4          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST5          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST6          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiMDUST7          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiSULF            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiBC              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiOC              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiSSA              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiSSC              ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiBGSULF          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_AeroRadiICEI            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST1        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST2        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST3        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST4        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST5        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST6        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaMDUST7        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaSULF          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaBC            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaOC            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaSSA          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaSSC          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaBGSULF        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroAreaICEI          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST1        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST2        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST3        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST4        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST5        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST6        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiMDUST7        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiSULF          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiBC            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiOC            ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiSSA          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiSSC          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiBGSULF        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_WetAeroRadiICEI          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_StatePSC                ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAN2O5H2O          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAN2O5HCl          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAClNO3H2O        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAClNO3HCl        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAClNO3HBr        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLABrNO3H2O        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLABrNO3HCl        ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAHOClHCl          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAHOClHBr          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAHOBrHCl          ', 'GIGCchem',
                              'Chem_KhetiSLAHOBrHBr          ', 'GIGCchem',
                              ::
== Cloud convective flux ==
== The CloudConvFlux collection ==
A sample collection definition section is listed below.  You may cut-and-paste this into your <tt>HISTORY.rc</tt> file and edit accordingly.
  CloudConvFlux.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  CloudConvFlux.format:      'CFIO',
  CloudConvFlux.frequency:    010000
  CloudConvFlux.duration:    010000
  CloudConvFlux.mode:        'time-averaged'
  CloudConvFlux.fields:      'CloudConvFlux_?ADV?          ', 'GIGCchem',
Here follows a description of diagnostic quantities belonging to the SpeciesConc collection.
{| border=1 cellspacing=0 cellpadding=5
|-valign="top" bgcolor="#CCCCCC"
!width="225px"|Diagnostic name
!width="225px"|Description
!width="125px"|Units
!width="80px"|Wildcards
!width="150px"|Simulations
!width="100px"|[[List of diagnostics archived to bpch format|Bpch equiv.]]
!width="150px"|Notes
|-valign="top"
|CloudConvFlux_<spcname>
|Mass change due to cloud convection
|kg/s
|
*?ADV?
*?DRY?
*?GAS?
*?WET?
|
*all simulations
|
*[[List of diagnostics archived to bpch format|ND14]]
|
*Will be replaced by new flux diagnostics in v11-03
|}
== Concentrations after chemistry ==
  # Concentrations after chemistry
  ConcAfterChem.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  ConcAfterChem.format:      'CFIO',
  ConcAfterChem.frequency:    010000
  ConcAfterChem.duration:    010000
  ConcAfterChem.mode:        'time-averaged'
  ConcAfterChem.fields:      'OHconcAfterChem              ', 'GIGCchem', 
                              'HO2concAfterChem              ', 'GIGCchem', 
                              'O1DconcAfterChem              ', 'GIGCchem', 
                              'O3PconcAfterChem              ', 'GIGCchem', 
::
== Dry deposition diagnostics ==
# Dry deposition flux velocity (per dry deposited species)
  DryDep.template:            '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  DryDep.format:              'CFIO',
  DryDep.frequency:          010000
  DryDep.duration:            010000
  DryDep.mode:                'time-averaged'
  DryDep.fields:              'DryDepVel_?DRY?              ', 'GIGCchem',
                              'DryDepMix_?DRY?              ', 'GIGCchem',
                              'DryDepChm_?DRY?              ', 'GIGCchem',
                              'DryDep_?DRY?                  ', 'GIGCchem',
::
== Photolysis diagnostics ==
# Photolysis rates (J-values)
  JValues.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  JValues.format:            'CFIO',
  JValues.frequency:          010000
  JValues.duration:          010000
  JValues.mode:              'time-averaged'
  JValues.fields:            'Jval_?PHO?                    ', 'GIGCchem',
::
# Photolysis rates at local noon (J-values)
  JValuesLocalNoon.template:  '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  JValuesLocalNoon.format:    'CFIO',
  JValuesLocalNoon.frequency: 010000
  JValuesLocalNoon.duration:  010000
  JValuesLocalNoon.mode:      'instantaneous'
  JValuesLocalNoon.fields:    'JNoon_?PHO?                  ', 'GIGCchem',
::
== Diagnostics on level edges ==
# Level edge diagnostics (73-level only)
  LevelEdgeDiags.template:    '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  LevelEdgeDiags.format:      'CFIO',
  LevelEdgeDiags.frequency:  010000
  LevelEdgeDiags.duration:    010000
  LevelEdgeDiags.mode:        'time-averaged'
  LevelEdgeDiags.fields:      'Met_CMFMC                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PEDGE                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PEDGEDRY                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_PFICU                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PFILSAN                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PFLCU                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PFLLSAN                    ', 'GIGCchem',
::
== Production and loss rates ==
  # Prod/loss rates
  ProdLoss.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  ProdLoss.format:            'CFIO',
  ProdLoss.frequency:        010000
  ProdLoss.duration:          010000
  ProdLoss.mode:              'time-averaged'
  ProdLoss.fields:            'PROD_?PRD?                    ', 'GIGCchem',
                              'ProdBCPIfromBCPO              ', 'GIGCchem',
                              'ProdOCPIfromOCPO              ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromH2O2inCloud        ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromO3inCloud          ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromO3inSeaSalt        ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromHOBrInCloud        ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromSRO3              ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromSRHObr            ', 'GIGCchem',
                              'ProdSO4fromO3s                ', 'GIGCchem',
                              'LOSS_?LOS?                    ', 'GIGCchem',
                              'LossHNO3onSeaSalt            ', 'GIGCchem',
::
== Fields of the State_Chm object ==
# State_Chm array diagnostics (see also Aerosols collection
  StateChm.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  StateChm.format:            'CFIO',
  StateChm.frequency:        010000
  StateChm.duration:          010000
  StateChm.mode:              'time-averaged'
  StateChm.fields:            'Chem_phSav                    ', 'GIGCchem', 
                              'Chem_HplusSav                ', 'GIGCchem', 
                              'Chem_WaterSav                ', 'GIGCchem', 
                              'Chem_SulRatSav                ', 'GIGCchem', 
                              'Chem_NaRatSav                ', 'GIGCchem', 
                              'Chem_AcidPurSav              ', 'GIGCchem', 
                              'Chem_BiSulSav                ', 'GIGCchem',
                              'Chem_pHCloud                  ', 'GIGCchem',
                              'Chem_SSAlk',                  ', 'GIGCchem',
                              'Chem_HSO3AQ                  ', 'GIGCchem',
                              'Chem_SO3AQ                    ', 'GIGCchem',
                              'Chem_fupdateHOBr              ', 'GIGCchem',
::
== Fields of the State_Met object ==
# State_Met array diagnostics
  StateMet.template:          '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  StateMet.format:            'CFIO',
  StateMet.frequency:        010000
  StateMet.duration:          010000
  StateMet.mode:              'time-averaged'
  StateMet.fields:            'Met_AD                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_AIRDEN                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_AIRVOL                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_ALBD                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_AREAM2                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_AVGW                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_BXHEIGHT                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_ChemGridLev                ', 'GIGCchem',
                              'Met_CLDF                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_CLDFRC                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_CLDTOPS                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_DELP                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_DQRCU                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_DQRLSAN                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_DTRAIN                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_EFLUX                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_FRCLND                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_FRLAKE                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_FRLAND                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_FRLANDIC                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_FROCEAN                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_FRSEAICE                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_FRSNO                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_GWETROOT                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_GWETTOP                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_HFLUX                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_LAI                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_LWI                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_PARDR                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PARDF                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PBLTOPL                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PBLH                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PHIS                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PMID                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_PMIDDRY                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PRECANV                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PRECCON                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PRECLSC                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PRECTOT                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PS1DRY                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PS1WET                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PS2DRY                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PS2WET                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PSC2WET                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_PSC2DRY                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_QI                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_QL                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_OMEGA                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_OPTD                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_REEVAPCN                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_REEVAPLS                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_SLP                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_SNODP                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_SNOMAS                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_SPHU                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_SPHU1                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_SPHU2                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_SUNCOS                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_SUNCOSmid                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_SWGDN                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_T                          ', 'GIGCchem',
                              'Met_TAUCLI                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_TAUCLW                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_THETA                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_TMPU1                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_TMPU2                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_TO3                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_TropHt                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_TropLev                    ', 'GIGCchem',
                              'Met_TropP                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_TS                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_TSKIN                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_TV                        ', 'GIGCchem',
                              'Met_U                          ', 'GIGCchem',
                              'Met_U10M                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_USTAR                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_UVALBEDO                  ', 'GIGCchem',
                              'Met_V                          ', 'GIGCchem',
                              'Met_V10M                      ', 'GIGCchem',
                              'Met_Z0                        ', 'GIGCchem',
::
== Loss of soluble species in cloud updrafts ==
# Loss due to convection (per wet deposited species)
  WetLossConv.template:      '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  WetLossConv.format:        'CFIO',
  WetLossConv.frequency:      010000
  WetLossConv.duration:      010000
  WetLossConv.mode:          'time-averaged'
  WetLossConv.fields:        'WetLossConv_?WET?            ', 'GIGCchem',
::
== Loss of soluble species in large-scale wet deposition ==
# Loss due to rainout and washout (per deposited species)
  WetLossLS.template:        '%y4%m2%d2_%h2%n2z.nc4',
  WetLossLS.format:          'CFIO',
  WetLossLS.frequency:        010000
  WetLossLS.duration:        010000
  WetLossLS.mode:            'time-averaged'
  WetLossLS.fields:          'WetLossLS_?WET?              ', 'GIGCchem',
::

Revision as of 18:23, 9 August 2018

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Previous major release Current release candidate Pending major release Next stable version Successive major release
GEOS-Chem v11-01-public v11-02-release-candidate
(aka v11-02-rc) 		GEOS-Chem 12.0.0
aka v11-02-final in the
old version number system 		GEOS-Chem 12.1.0 GEOS-Chem 13.0.0
RELEASED 01 Feb 2017 RELEASED 22 Jun 2018 RELEASE TBD RELEASE TBD RELEASE TBD 2019
GC v11-01 online manual GC v11-02 benchmark history GC 12 online manual GC 12 benchmark history
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